其实波尔多液本身并没有杀菌作用，因为碱式硫酸铜不溶于水，不能产生Cu2+，只有把它转化为可溶物，产生Cu2+才能挥杀菌作用。怎样实现这个转化呢？当波尔多液喷洒在植物表面时，由于波尔多液的粘着性而吸附在作物表面。
此时由于植物在新陈代谢过程中分泌酸性液体，以及病菌入侵植物细胞时分泌的酸性物质，使波尔多液中少量的碱式硫酸铜转化为可溶物，产生少量可溶性Cu2+，Cu2+进入病菌细胞后，会使细胞的蛋白质凝固。同时Cu2+还能使细胞中某种酶受到破坏，因而妨碍细胞代谢作用的正常进行。Cu2+还能与细胞质膜上的阳离子（H+、Cd2+、K+、NH4+）发生交换吸附而使之中毒，因此波尔多液能够杀菌。
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