凡是未出生的胎儿，其体内是绝对不应该有细菌的。婴儿一旦出生，体内所有开放性器官??皮肤、眼睛、鼻子、耳道、口腔、上呼吸道以及肠道等，都会逐渐有细菌进入并且立足、繁殖，直至人生的终结。但是，能够在人体内伴随人类一生的细菌，都要经过人体内持久的筛选，才可获得“永久”居住的权利。因此，我们将能与人体共存一生的细菌称为“正常菌群”。
由于人体各个开放性器官的功能和性质不同，寄存于各个器官内的正常细菌种类和数量也不同。从数量上讲，结肠内细菌数量最多。从功能上讲，肠道内细菌的作用最大。虽然肠道内的细菌有上百种，但是每种之间的数量差异很大。对母乳喂养健康婴儿肠道内正常菌群的研究表明，有两种细菌从数量上占据主导地位??双歧杆菌和乳酸杆菌。不过，对于新生婴儿来说，这两种主导细菌群能否很快建立，主要取决于喂养方式。
婴儿肠道特点：
(1)肠腔内没有任何细菌。
(2)肠壁细胞之间的间隙较大。这样肠壁松弛的结构形成高渗透现象。随着喂养的进程，进入肠道的有害菌或食物蛋白能都可通过松散的间隙通过肠壁，由肠腔进入血液，引起感染或者过敏。
(3)新生婴儿体内对有害菌的获得性免疫能力尚未建立，非常容易出现严重的感染??败血症。
(4)由于胎儿体内T-辅助细胞分化出现歪斜现象，致使新生婴儿很容易出现食物过敏，特别是牛奶蛋白过敏。
正是由于这些新生儿肠道的特性，积极的喂养方式才显得更加重要。而积极的喂养方式，当然就是母乳喂养。
(1)母乳喂养过程是一个有菌喂养过程。人体内的开放性器官都存有细菌，女性乳房的乳管也是开放器官。在妈妈生育孩子之前，乳管内已经形成正常的菌群。这样妈妈就可通过母乳喂养，将乳管内正常菌群的细菌喂给婴儿。所以，对母乳喂养儿来说，其肠道内细菌建立的速度很快。
(2)在通过母乳喂养进入到婴儿体内的细菌中，有少量需要氧气的需氧菌，还有大量不需要氧气的厌氧菌。致病菌多为需氧菌，而正常菌群，比如双歧杆菌和乳酸杆菌属于厌氧菌。进入肠道的需氧菌会很快把肠道内的氧气消耗掉，为同时进入的厌氧菌提供很好的生长环境。
(3)母乳中含有很多促使厌氧细菌，特别是益生菌生长的因子，比如乳糖、低聚糖等。这些营养素促进厌氧细菌的生长，很快形成肠道内的正常菌群，而正常菌群还会利用乳糖和低聚糖产酸形成酸性环境，抑制致病菌生长。
(4)肠道内的正常菌群属于厌氧菌，而血液内是有氧环境，所以正常菌群不会穿过松弛的肠壁细胞间隙进入血液，造成感染。另外，肠道内的正常菌群可以机械地封闭肠壁细胞间的间隙，从而阻止致病的细菌和蛋白抗原穿过肠壁进入血液，达到避免感染和过敏的效果。
(5) 肠道内正常菌群的建立还可促进全身免疫系统，特别是能够纠正T辅助细胞的歪斜现象，从而避免食物或其它原因引起的过敏。
(6) 肠道内正常菌群能产生免疫球蛋白A，增加肠道抵御致病菌的能力。
(7) 正常菌群还能产生维生素K、生物素和叶酸，并促进钙、镁和铁的吸收。
这样看来，肠道中的正常菌群对婴儿的生长发育的确很重要，而且母乳喂养就可以达到这样的效果。因此，那么对肠道本身和人体有益的细菌，现在也被称为“营养素”，当然是一种特殊的营养素。那么，对于不能接受母乳喂养的婴儿，可以通过单独补充对人体肠道有益的细菌??益生菌制剂或使用含有益生菌的配方奶粉，同样也可获得这样的营养效果。
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