H3N2是三种季节性流感疫苗菌株之一。但是，如果H3N2菌株在传播中变得与疫苗所用大为不同，该疫苗就会降低保护作用，从而就会导致更多的人患病。世卫组织助理总干事福田敬二说：“对于当前的H3N2来说，我们没有相关的研究，所以现在我们无法预测，当前季节性流感疫苗能在多大程度上防御H3N2。”
不过，来自中国的一些早期观察显示，中国境内流行的主要的H3N2可能与该流感疫苗失配。季节性流感疫苗所用的H3N2菌株是布里斯班亚型，而据中国国家流感中心主任舒跃龙所称，根据他们最近的研究，“当前流行的主要的H3N2菌株为类珀斯病毒”。舒跃龙同时指出，国家流感中心目前没有数据可供预测季节性流感疫苗对于这一病毒亚型的效用。
另据美国疾控中心流感部主任Nancy Cox所述，自今年8月30日以来，新型H1N1病毒占到了全美分离亚型的99%以上。不过她同时表示，分离出的H3N2亚型中，类珀斯病毒占到了17%。
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