生物校本课程内容的选择应能促进学生加深对课本原理、重点、难点知识的理解和思维能力的提高，或实验能力的提高，即以学生的需求为考虑的出发点，这种需求既包括学生的知识需求也包括学生兴趣，是二者的整合。应避免知识选择的无目的性，避免大学知识的生搬，避免增加学生心理负担。要让学生感到能学懂，对平时的学习有帮助，有点拨作用。当今的学生，除了上课时随着课程的进展进行知识积累，更重要的是需要时间对知识再加工，形成知识网，并对原理、重点、难点知识深入思考并会应用或迁移。限于背景知识的缺乏，这对学生的能力形成了一定的挑战。如果围绕课本中原理、重点、难点知识以丰富的典型事例再加以佐证或加深拓展，会起到夯实知识基础并适当开阔学生眼界的作用。这样也会与学生的学习实际和高考接轨，因此会迎合学生的需求。而往往中学生物课程中的原理、重点、难点知识，也是牵扯国计民生和学生生活的重要问题，如果教师介绍和引导到位，也应是学生的兴趣点，也是校本课程的整合点。因此，生物校本课程不等同于奥林匹克生物培训班。
2．与学生生活和成长密切相关的原则
学生是处于青春期发育中的人，是成长中的人，校本课程可选择相关内容来满足学生这方面的心理发展需求。如青春期发育与正常性心理和性卫生、平衡饮食与健康、生活中的环保与防病等。这些知识都是学生个体生长发育和生活过程中与自己息息相关的、渴望知道的，符合学生的成长需求，也有助于我们的育人。
3．地域性原则
校本课程具有地域性特点，根据学校所处位置，寻找能激起学生探索欲望的周边环境或地域性的问题。例如某中学地处古城西安的城墙边，护城河水异样的颜色和气味，会触动学生的环保意识，引起探索的欲望，可就此设计探究性课程。又如园林艺术与校园内植物种类的选择，学生健康与校园绿化植物种类等。
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