1利用大分子物质结构形成的流程作为教学的线索
人们对物质的认识，往往都是由宏观的结构入手，然后再思考更小的结构组成，从而实现了由宏观到微观的物质认识。例如对大分子物质的结构认识就遵循以下流程：基本单位→元素组成分析→基本单位的结构、特点分析→两个基本单位的连接→一条链的形成→多条链的连接→完整大分子的构建。
对于蛋白质的教学，教师可设置问题情景，利用多媒体展示几种常见蛋白质分子的立体结构，如血红蛋白、胰岛素，要求学生尝试着说出它们的生物学功能，并提出问题：“蛋白质是大分子还是小分子呢？”学生从复杂的结构中，很容易得出其为大分子。
教师追问：“大分子化合物往往是由基本单位组成的，那么蛋白质的基本单位是什么呢？”学生带着疑问，经过教材阅读即可得知为氨基酸。接着教师要求学生观察教材中所列出的几种氨基酸，尝试着写出这几种氨基酸的共同结构，分别描述它们不同的组成成分，进而写出氨基酸的结构通式。
根据氨基酸的结构通式，教师提出问题：“氨基酸的元素组成是什么？决定氨基酸种类的基团是什么？组成蛋白质的氨基酸大约多少种？其特点是什么？属于大分子还是小分子？”学生通过观察可知，氨基酸是小分子物质。
接着教师引导学生通过对教材中血红蛋白、胰岛素结构模型的分析，领会每种蛋白质往往是由多个氨基酸构成的。教师继续提出问题：“氨基酸构成蛋白质需要经历哪些过程呢？”学生对教材图解观察后可知：首先要理解两个氨基酸结合的过程，然后思考多个氨基酸形成一条肽链的问题，继而掌握多条肽链的形成以及相关的计算。
2从结构决定功能中寻找教学的逻辑性
生物体近乎于完美的结构，无不显示着与其功能相适应的特征。在教学过程中，教师可先引导学生通过阅读材料，分析出相关细胞或者物质的功能，然后提出问题，从而引出研究其结构的话题。
例如，在进行“DNA分子结构”教学中，教师可利用已完成的“DNA是主要的遗传物质”的教学，在学生已明确了大多数生物的遗传物质是DNA的情况下，提出问题：“DNA之所以能够成为大多数生物的遗传物质，肯定和它的什么有关？”学生很快提出了与它特定的空间结构有关。教师即可顺利导入到DNA分子结构的教学中。教师利用多媒体呈现DNA动态双螺旋模型，提出问题：“DNA分子是由几条链构成的？这些链在位置的分布上有何特点？这两条链之间是通过什么样的结构相连的呢？哪些结构的存在才能体现出DNA分子作为遗传物质的特征？”教师通过这些问题激发学生新知识探究的欲望，继而通过指导学生观察教材中所设置的平面图和立体图，引导学生尝试着回答问题。学生通过观察之后，即可得出两条链外侧是由磷酸与脱氧核糖交替连接而成的，构成了DNA的基本骨架，碱基成对排列在内侧。教师继续提出问题：“相邻的脱氧核苷酸是如何相连的？碱基对中的两个碱基是通过什么样的化学键相连的呢？如何判定DNA的两条链成反向平行的呢？不同的DNA主要体现在哪个部位的差异？”学生通过对DNA平面结构的绘制，即可得出碱基对排序的不同，决定了DNA的多样性，进而明确了DNA之所以能够成为大多数生物遗传物质的主要原因。
3从教材的模型图中，发现教学内容之间的联系
生物学教材中几乎每个章节中都蕴含了大量的图形。有些插图与学生日常生活密不可分，学生通过看图，能够唤起其对生活实践的回顾，产生学习的兴趣。
人教版必修3教材的生态系统结构中池塘生态系统图解，能引导学生联系生活实际。教师将其中所含的生物成分进行分类，在学生观察该图解过程中，要求学生思考以下几个问题：“池塘中包含了哪些成分？这些成分之间可能存在什么关系？它们在池塘中的作用可能是什么？”学生通过观察插图，很容易回答出上述的问题。由此教师可提出与本节内容密切联系的问题：“图中所包含的成分构成了生命系统中的哪个层次？这些生物之间存在哪些种间关系？是不是生产者都是绿色植物？是不是消费者都是动物？分解者都是微生物？”教师通过引导学生分析教材中的插图，解决一些较为简单的问题，继而引出与本节内容相关的话题，从而帮助学生初步构建新知识的框架。
4依据人类认知的特点，构建知识形成的主线
人?在研究过程中，往往先提出一定的假说，进而去寻找相关的证据来加以论证，或者找出新的说法。还有的是根据已掌握物质的特征，进行认定，然后在对未知事物理解之后，再进行比较分析，从而确定最终的答案。
在“对基因在染色体上”的教学中，教师以类比推理法进行分析为线索，引导学生沿着人类的认知顺序进行探索：先是根据已知事物与未知事物的相似性，推测未知事物的特点；接着设法通过实验进行否定或者肯定；然后得出新的结论，从而推动科学的新发展，将学生引入充满探究的旅途中去。由于基因在显微镜下是不可见的，染色体是可见的，而人们不可能一下子凭着视野下所见的实际情况总结出二者的关联，因此科学家萨顿通过研究提出了基因在染色体上的假说。但这种假说的科学性还要通过实验来验证，因此很自然地过渡到摩尔根的验证实验当中来。
教学内容中的线索是连接教师与学生、教学内容与学生之间的桥梁，有了它就会使得课堂教学变得游刃有余，不再是生硬的知识传授，而是在一起探讨中顺利到达知识构建的彼岸，从而提高了教学的连贯性。
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