了凡先生因为这件事当面指责李如松，不应用诡诈的手段对付日寇，这样有损大明朝的国威；而且李如松手下的士兵随便杀害百姓，并以头来记功。了凡向李如松据理力争，李如松发怒；不但不接受劝诫，反而独自带著军队东走，使得了凡所率领的军队孤立无援。日寇因而乘机攻击了凡的军队，幸赖了凡机智应对，将日寇击退。而李如松的军队，最后终於被日寇击败了；他想要脱却自己的罪状，反而以十项罪名弹劾袁了凡；了凡很快地被提出审判，终於在「拾遗」(谏官)的仕内，被迫停职返乡。在家里，了凡非常恳切，认真地行善直到去世，过逝时享年七十四岁。
明熹宗天启年间，了凡的冤案终於真相大白，朝廷追叙了凡征讨日寇的功绩，赠封他为「尚宝司少卿」的官衔。了凡先生从当学生时，就非常喜欢研究学问，书不论古今，事不分轻重，他都认真研究，并且非常通达。例如：星象，法律，水利，理数，兵备，政治，堪舆等。
了凡先生在宝坻县当县长时，非常注重人民的福利，常常想做些有利地方的事情；宝坻县当时常有水灾泛滥，了凡先生於是积极兴办水利，将三汊河疏通，筑堤防以抵挡水患侵袭；并且教导百姓沿著海岸种植柳树，每当海水泛滥，挟带沙土冲上岸时，遇到柳树就积挡下来，久而久之变成一道堤防。於是了凡先生又督导百姓在堤防上建造沟渠，并鼓励百姓耕种；因此，荒废的土地渐渐地开垦，了凡先生又免除百姓种种杂役以便民，使得百姓安居乐业。
了凡先生家里并不富有，可是却非常喜欢布施，家居生活俭朴，每天诵经持咒，参禅打坐，修习止观。不管公私事务再忙，早晚定课从不间断。在这当中，了凡先生写下四篇短文，当时命名为「戒子文」，用来训诫他儿子，就是后来广行於世的「了凡四训」这本书。
了凡先生的夫人非常贤慧，经常帮助他行善布施，并且依照功过格记下所做的功德，因为她没有读过书，不会写字；因此用鹅毛管沾红墨水，每天在历书上做记号。有时了凡先生较忙，当天所做功德较少，她就皱眉头，希望先生能多做些善事。有一次，她为儿子裁制冬天的大袍子，想买棉絮做内里。
了凡先生问：「家里有丝绵又轻又暖和，为什麽还买棉絮呢？」
了凡夫人答：「丝绵较贵，棉絮便宜，我想将家里的丝绵拿去换棉絮，这样可以多裁几件棉袄，赠送给贫寒的人家过冬！」
了凡先生听了非常高兴说：「你这样虔诚的布施，不怕我们孩子没有福报了！」
他们的儿子袁俨，后来中了进士，最后以广东省高要县的县长退休。
【注】
俊： 如「俊」字形，「人」旁换成「土」旁
环： 取「环」字右侧，填入「病」中「丙」字的位置
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