非经肠道全细胞霍乱疫苗的副作用与全细胞伤寒疫苗的副作用相比尽管不那么严重，但大致相似。大约50%的疫苗接种者在接种部位产生疼痛和发炎，10%-30%产生发烧和不适的全身症状。这些症状通常持续1-3天，尽管一些个体的症状延迟发生并在第4和第7天之间发生臂痛现象。

　　报告有疫苗接种后轻度的胃肠道症状，在对口服bs/wcv反应基因的随机、无效对照剂对照、双盲试验中这种症状的发生频率对于疫苗接受者和安慰剂接受者来说相同，使用建议的间隔两周注射两份疫苗的免疫计划的口服bs/wcv目前已获许可证。

　　在北美和欧洲人口中使用5×108 cfu剂量进行的随机、无效对照剂对照、双盲试验中在接种了目前注册的cvd 103-hgr菌株之后，所报告的疫苗接种者和安慰剂接受者发生相同频率的胃肠道症状。在发展中国家，接种5×109 cfu剂量在疫苗接种者和安慰剂人群中所产生的副作用是相同的。

　　口服活霍乱疫苗103-hgr对hiv—阳性接种对象来说是安全的，即便对于3个月的婴儿来说也有很好的耐受性。

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