学生在学习期间可以得到由来自文、理科各院系资深教授组成的学生学习指导委员会的全程指导。每位导师对指导对象进行选课、选专业、学习内容及方法、思想品德等方面的指导。导师由相关院系推荐，北京大学校长聘任。
自由选择专业为了充分调动学生学习的主动性和积极性，元培计划实验班学生原则上可自由选择专业。学生进校时只按文、理分类，不分专业。低年级主要进行通识教育，在他们对北大的学科状况、专业设置、培养目标等有了进一步了解后，可以根据自己的志趣于第二学期末提出专业选择意向（可跨类，暂不包括外语类各专业、考古专业和医学类各专业），一般在第三学期末最后确定专业。但每个学生修读专业的最后确定还必须考虑相关专业教育资源及学生本人的综合条件。
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